Герб района утверждён Решением Пустошкинского районного Собрания депутатов Псковской области от 29 мая 2000 года "О гербе Муниципального образования "Пустошкинский район".

Официальное описание герба Пустошкинского района:"В зеленом поле пониженный золотой узкий крест с косвенными верхним и нижним плечами, заполненный лазурью (синим, голубым) в нижнем правом углу и в оконечности, а поверх всего, стоящий на одной ноге на перекрестье серебряный аист с черными концами сложенных крыльев и глазами, с червлеными (красными) клювом и ногами".

Символика герба: Основой герба, его фундаментом стало географическое расположение города Пустошка, который расположен на пересечении транспортных магистралей: Москва - Рига и Санкт-Петербург - Киев. Зеленый цвет показывает леса, поля и сельскохозяйственные угодья района. Зеленый цвет также символ плодородия, надежды и здоровья. Синий цвет отражает многочисленные озера, находящиеся на территории района. Синий цвет - символ чистоты неба, красоты и добродетели. Аисты, гнездящиеся в этих местах, являются символом города. Аист символизирует мир, почтительность к родителям и чистоту природы. Серебро в геральдике - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества. Золото - символ прочности, величия, богатства, интеллекта, великодушия. Красный цвет - символ праздника, красоты, радости. Черный цвет в геральдике символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия.

      Авторы герба: Константин Моченов (г.Химки), Владимир Медведев (г.Пустошка), Александр Фадеенков (г.Пустошка), Николай Сайков (Пустошкинский район); художник: Роберт Маланичев (г.Москва). Компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва).

       О создании этого исторического символа, о его геральдических особенностях рассказал Глава района А.Г. Фадеенков. На гербе Пустошки изображен аист, стоящий на перекрестке двух дорог. Неслучайно эта гордая красивая птица – символ счастья и семейного очага – стала и символом нашего города. На въезде в Пустошку со стороны Санкт-Петербурга, у дороги, стоит высокая сосна. С давних времен, как утверждают старожилы, еще до войны поселились на этой сосне аисты. Говорят, что эти птицы первыми вернулись после войны в свое гнездо и были свидетелями восстановления разрушенного войной города. Здесь и до сих пор живут их потомки. Видно, из поколения в поколение передавали аисты своим детям любовь к пустошкинскому краю. Удивительно, что и людям есть чему поучиться у этих умных птиц.
Пустошка стоит на пересечении двух автомагистралей – шоссейных дорог Санкт-Петербург – Киев и Москва – Рига. Именно этот перекресток изображен и на гербе. Зеленый и голубой цвета символизируют наш лесной и озерный край.